Joe ahnt, dass sich Gomamon in großer Gefahr befindet und beschließt, gemeinsam mit den anderen Kindern für kurze Zeit in die Digiwelt zurückzukehren, um seinem Digipartner zu helfen. In der Digiwelt gibt es inzwischen einen geheimnisvollen Jungen, der sich DigimonKaiser nennt und dem es gelungen ist, zu großer Macht zu gelangen. Doch seine Macht würde geschwächt, wenn es gelänge, einige der unzähligen schwarzen Türme zu zerstören, die er in der ganzen Digiwelt errichtet hat. Unsere Freunde ziehen los, um wenigstens einige der Türme zum Einsturz zu bringen, die im Herrschaftsbereich des DigimonKaisers stehen.