Conan, Ran, Kogoro und die Kinder fahren mit dem Expresszug zu einer Hochzeit in Kyoto. Im Zug entdeckt Conan zwei Männer in Schwarz und er versucht von ihnen an mehr Informationen zu kommen, wie er sein altes Ich wiederbekommen kann. Durch Zufall bekommt er mit, dass diese mit einem anderen Passagier einen Deal gemacht haben und eine Zeitbombe in dessen Koffer platziert wurde. Da das Zugpersonal ihm nicht glaubt, liegt es an Conan die Bombe zu finden und die Explosion zu vermeiden.