Der Schüler Ganta Igarashi freut sich auf einen Ausflug mit seiner Klasse ins Deadman Wonderland, ein privates Gefängnis, das gleichzeitig eine Art Freizeitpark ist. Plötzlich erscheint ein mysteriöser roter Mann, der die ganze Klasse umbringt und einen merkwürdigen, roten Stein in Gantas Brust wirft. Da alle Beweise gegen ihn sprechen und er der einzige Überlebende ist, wird Ganta des Massenmords bezichtigt. Er muss nun selbst ins Deadman Wonderland.