Nachdem Terroristen ein Gebäude in die Luft jagen, wird auf dem Mars ein tödlicher Virus freigesetzt. Die Regierung setzt ein hohes Preisgeld auf die Täter aus und die Kopfgeldjäger auf der Cowboy Bebop entscheiden sich schnell, auch die Fährte aufzunehmen. Doch die Suche nach den Tätern, einer Terror-Gruppe um den mysteriösen Boss Vincent, eskaliert immer weiter, sowohl durch hartnäckige Rivalen um das Kopfgeld, als auch durch das Geheimnis, dass Vincent umgibt.