Lelouch ist vom normalen Schüler zum charismatischen Anführer des Ordens der Schwarzen Ritter geworden, mit dem er einen Feldzug gegen sein einstiges Heimatland, das Heilige Britannische Reich, begonnen hat. Für seine Ziele schreckt er auch vor Mord an seinen Geschwistern nicht zurück, was den Konflikt zwischen den Kriegsparteien noch weiter verschärft. Um sich selbst zu schützen und seinen Kampf erfolgreich fortführen zu können, hält er seine wahre Identität sowohl vor seinen Feinden als auch seinen Freunden geheim. Während er durch die Taten der Schwarzen Ritter in den Medien immer präsenter wird, treffen seine Kampfeinheiten auf den mächtigen Knightmare Lancelot. Dessen Pilot ist niemand anderes als Lelouchs bester Freund Suzaku – und obwohl sie demselben Ideal folgen, führen ihre Entscheidungen beide auf getrennte Wege …