In der Welt von Black Cat existiert eine weltweite Mafiaorganisation, die sich „Chronos“ nennt und einen Großteil der Weltpolitik und -wirtschaft kontrolliert. Sie ist inzwischen für die Welt unverzichtbar geworden und schaltet mit Hilfe ihrer Profikiller-Einheit „Chronos Numbers“, sich um…mehr anzeigen
Eden bombardiert die Bewohner der Stadt mit seinen Nanamaschinen. Währendessen versuchen Train, Chronos und die Apostel der Planeten einen Weg zu finden um Eden endgültig zu vernichten und Eve zu retten.