In „3D Kanojo“ folgen wir dem jungen Otaku Hikari Tsutsui, der seine Zeit lieber mit Videospielen, Animes und Mangas verbringt, als ein aktives Sozialleben zu führen. So hat er auch nur einen wirklichen Freund, dem es da ganz ähnlich geht wie ihm selbst und es sollte auch keine große Überraschung…mehr anzeigen
Hikari begrüßt die Rückkehr der Normalität mit süßer Erleichterung, aber es dauert nicht lange, bis er seinen Vater in einem Café mit einer Frau findet, die nicht seine Mutter ist.